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　　梦终于醒了,Snake再次联系Paramedic,告诉她自己做的这个奇怪的梦,Paramedic说可能是因为四周禁锢的环境让人产生压抑的感觉,因此有了那个怪梦.Snake却埋怨说是因为Paramedic讲的那个电影,害得他做了噩梦.Paramedic感到很内疚,向他道歉.并提醒Snake这可能是因为他真实的自我被压抑得太久,导致虚假的一面掩盖了他真实的一面,长期处与伪装状态中难免会有这些反映的.(也难怪,整个游戏Snake都要穿迷彩伪装自己).
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　　Eva来电告诉他,看守他的警卫特别贪吃 ,如果Snake肯省点粮食分给他,或许会获得他的好感,另外据说那人对美国囚犯有特殊的好感.
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　　Snake分给看守一些食物,于是看守士兵和他闲聊了起来,并说他冷战以前他就住在美国,在那里他还有妻子,孩子(这里有个有趣的设定是他的孩子长大后正好看守solid snake!),最后Snake从他给的照片上看到了开启门的电台频率.在用迷雾剂喷晕了看守后，成功的越狱了
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　　遵照Eva的指示,Snake来到了紧急出口,这时Eva紧急来电告之Volgen已经发现他越狱,所以封锁了他们预先设计好的紧急逃跑出口!但是没办法,后面追兵马上就要到来,Snake只有硬着头皮向前冲,到了尽头,下面是瀑布无路可走,OCELOT已带兵赶到,Snake跳下了瀑布.
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　　朦胧中,Snake遇见了眼镜蛇部队最后一人--The sorrow,The sorrow拥有奇异的力量,可以可死去的亡魂对话,进而召唤亡灵对Snake 进行攻击.在Snake 不知如何应付这个刀枪不入的家伙的时候,在"黄泉路"的尽头,Tom上校紧急来电告之,在死后使用苏生剂就可以醒过来
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　　Snake在岸边终于醒了,Mr.Sigint 来电告诉Snake,根据他查的资料,原来The sorrow2年前就死了，他生前和The boss是特别亲密的关系,但是自从冷战后,美国和苏联成了敌人,他们在战场上遭遇了,为了完成任务,有一个必须得死,于是The sorrow把自己的生命交给了The boss,从此他的亡魂永远围绕着The boss 而不散.
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　　Eva来电告诉Snake向前走,在瀑布的山洞前和他汇合.Snake到达山洞,见到了Eva,此时的Eva显得格外的诱人,但是Snake仍然不为之所动.Snake答应这次任务完成后请她吃午饭,Eva提议吃日本的生鱼片,Snake不理解,觉得生鱼只有象他这样野外生存的人才会去吃.Eva告诉他那是日本一种流行的料理,和他吃的不同.
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　　接着两人开始商定破坏整个Volgen军事研究基地的计划,Snake负责在停放SHAGOHOD的仓库里安放C3炸弹,EVa负责逃跑路线,并在逃跑必经的桥上也安放炸弹,过桥后以切断追兵的路线.
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　　Snake成功的潜回军事研究基地,但当他安完炸弹以后Volgen带着被俘的Eva出现了.Volgen终于什么都知道了,他狠狠的用电折磨晕Eva后,考虑再三终于把"哲人计划"的晶片交给The boss叫她好好保管.剩下的就是要收拾Snake了,The boss同时带走了Eva,说她由她来处理这个女人.在拎起Eva的同时她小声的告诉Eva,剩下的一切由她来处理.
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　　OCELOT想亲手开枪杀掉Snake,被Volgen阻止,表示叫他好好看着,由他本人亲自来,终于一场大战开始了.OCELOT最后向Snake作出了一个手势----CQC
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　　Volgen壮实如牛,刀枪不入,但Snake的CQC偏偏是他的克星,几个回合下来,在OCELOT的赞叹声中,Volgen终于倒下了
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　　整个基地都要爆炸,Eva驾驶摩托车来接Snake,正当二人逃出的时候,孤注一掷的Volgen驾驶着SHAGOHOD疯狂的赶来了.Eva和Snake躲过追兵,逃过桥后,炸毁桥梁也没有阻挡SHAGOHOD的前进,看来只有亲自上阵解决它了.
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　　一场大战开始了,Eva驾驶摩托在前面做诱饵,吸引SHAGOHOD的注意力,Snake在一旁成功的用火箭弹摧毁了这个家伙,最后Volgen在一阵咆哮声中被天雷劈中身亡.
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　　追兵仍然没有完,二人继续驾驶摩托逃离,在湖边他们预先停放了一家水上飞机,那时他们最后逃离的工具.而且Eva告诉Snake,The boss在湖边等着他.
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　　由于摩托漏油,最后他们撞上了一截树干,而从坡上摔了下来.Snake没多大的事,但他发现Eva却不能动了,原来她跌下的时候被一截尖锐的树枝贯穿了肋部.Eva叫Snake别管她,自己赶快走.Snake坚决不肯,要求带她一起走,因为他需要她.听到了这句话,作为间谍处处被人轻贱的Eva感到了几分感动,紧接着Snake说没有Eva不行,因为他自己不会开那个水上飞机Wig.原来是这样,Eva苦笑了几声,但是也认可了这样的理由,忍痛拔出了树刺,跟着Snake一起前进.
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　　两人躲过敌人的追捕,来到湖边,Eva去启动飞机,而Snake去要面对自己无法避免的一战.完成他任务的最后一个部分---杀死the boss
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　　在漫山的山花中,The boss静静的伫立在那里,告诉Snake她等这一天很久了,她最终的愿望就是希望这个世界结束冷战的局面,重新成为一个整体.她曾经也渴望在战争中展示自己,但是最终她认识到因为战争的残酷,因为可能会使得你最亲密的人成为你的敌人,而你却不得不接受.由于美国和苏联的对立,她曾经不得不在战场上杀死她的爱人The sorrow .而她曾经和The sorrow生育的一个孩子,刚出生就被"哲人组织"给带走了,现在她已经没有了生育能力.只有身上这条象蛇一样的芭痕还记录着当时的痛楚.至于她为什么选择Snake作为她传授一切技术的对象,是因为她发现他们的很多相同点,而他们的结局注定要相同的,那就是两个人都不可能有未来.The boss的称号只能有一个,失败的人必须得死,而活着的人就得接着遭受将来无数战争的磨难.
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　　Snake终于打败了The boss,抠动了扳机.射死了她.整个山野的白花都被染成了红色
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　　Snake和Eva终于顺利起分,但是OCELOT阴魂不散的再次缠了上来,驾驶单人飞行器,撞破飞机的仓门跳了近来,两人展开一阵肉搏战后,两人决定用Russianshow来决出自己的命运,Snake再次运气胜出,但是他却没有抠动一起扳机,连OCELOT也不禁有所感悟了,跳下飞机,并说以后还会再想逢的.
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　　这时Mig进入了KGB军队的领空,正当几架战斗机准备打下他们飞机的危机时刻,Khruschevz最高指示命令他们仅仅返航,他们终于逃过了一劫.经过了数次生死患难,Snake也终于开始对Eva产生了好感
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　　再经过两人激情的一夜后,第二天snake发现Eva不知何时已经走了.只留下了一盘留声带.Eva留言告诉Snake,其实她并不是真正的EVA,真正的Eva和ADAM都是男的,她从一开始就冒充了Eva,而假装成KGB的间谍,潜入了GRU,所有的人都被她骗了,其实她的真实身份是来自中国的特工,除了美国,苏联,其中中国也早就对"哲人计划"虎视耽耽了,没错,她本人就是"哲人"之一,曾在美国军事机构里受训,而在那里,恰巧The boss是她的教官,因此她成功了骗了所有人,但是骗不过The boss.The boss一开始就什么都知道了,她最初叛变也是美国高层的指示,因为只有她那样的重量级人物投靠对方,才能迎取对方的充分信任,那正是她开头所提到最高机密的任务.而事情变化得很快,那次核爆炸后美国为了证明自己的清白,不得不舍弃她,为了效忠自己的国家,她也只能接受自己必须得死这个事实.她什么也没有埋怨,因为这就是任务,军人就应该为任务而效忠至死.为了不妨碍你完成任务,她是绝对不可能当面告诉这一切真相的,她只是希望你能知道幕后的这一切,所以她最后救下了我,通过我来传达给了你........本来我的任务是把"哲人计划"晶片到手后,杀死一切知情人的,但我没有杀你,不是因为我爱你,也不是因为你曾经救过我，而是我答应过the boss的一个诺言,我必须遵守它.
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　　Snake回到了美国,由于出色的完成了任务,被美国总统授于"big boss"称号.他麻木地望着纷纷前来道贺的众人....镁光灯在四处闪耀....
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　　墓园里,Snake手持鲜花与the boss生前的武器来到了The boss的幕前,Eva那最后几句话还停留在他耳边----"Snake,the boss为了效忠自己的祖国不惜背上叛国的罪名而遭人唾骂,历史书永远也不会知道这一切的真相,而她选择了默默的承受唯一的希望就是希望在你的记忆中,她并不是作为一个传授你技术的战士,而是作为一个女人
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　　她才是无愧的英雄,是一个真正的"爱国者"-----Snake庄严的敬上一个军礼,潸然泪下...
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　　几年后，赫鲁晓夫政权倒台.而中国则核实验成功
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　　再过了几年,Eva音讯全无,没有人知道她的下落.而The boss则组建了foxhound部队.