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　　正当tantyala战战兢兢的时候,The boss来了,告诉Volgen她的眼镜蛇部队已经死了3个,全是Snake干的,而且她预感Snake马上就会来到这里,叫上校把这里的警戒再加强一些.对于手下的死Volgen愤怒得无以复加,咆哮着Snake的真正目的肯定是来抢夺保存在他这里的晶片--"哲人计划"(抱歉这个我实在无法准确理会).此语一出,The boss, OCELOT,tantyala都把目光集中到了这块晶片上,原来20世纪初,苏联,美国和中国这三个国家的实权派有一个秘密集会,为了控制整个世界,世界各地都有他们所安排的"哲人",也就是他们四处安排的精英部队.这个晶片里包含了无数的军事机密,只要拥有了它,就等于拥有无穷的军事力量,经过了几十年的变迁,秘密组织的最初成员都已物是人非,而他的父亲恰巧是哲人之一,因此他才得知这个秘密,而目前凭借着他的财富和目前掌握着的军权,加上这块晶片,只要SHAGOHOD完成,就没人是他的对手!所以这块晶片无论如何都绝对不能让别人从他这里夺走!!
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　　Snake从山道下山,拿着Eva给他的一个钥匙,打开一扇门开始前往GRU的军事总基地.这时Paramedic来电聊起了刚才Eva送给Snake那两袋日本产的方便面的话题.她告诉Snake那种方便面富有多种营养,而且保存期长,方便食用.并问Snake会不会吃,Snake说既然你都说它们这么好我当然要自己吃了,干吗问这个,Paramedic支吾着回答说如果你不吃,就带回来留给我.Snake突然意识到Paramedic好象对日本了解得很多,他的印象就只停留在日本的女人好象很苗条的样子,Paramedic骄傲得说日本是一个很不错的国家,她很喜欢
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　　在途中,Snake终于遇见了眼镜蛇部队另一人----带有喷火装置的The fury.再次经过苦战胜利后,The fury 喃喃的说"The boss... 现在就只剩你一人了,我现在就要去了,要和Sorrow在一起了......"接着自爆身亡
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　　Snake到达军事基地,这里戒备很严,Eva告诉他Sokolov被藏在西栋,而想进入西栋,必须经过东栋,那里只有高级军官才能进入,所以Snake必须化装成他们自己人才行,这时候她告诉Snake可以化装成一个叫做 "Raikov" 上校的家伙,那家伙身分很高,可以自由进出那边
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　　Snake成功的打晕了Raikov,剥走他的衣服,戴上面具.化装成了他的样子.Eva来电表示赞许,说伪装简直象得连他妈都分辨不出,而且Snake可以为所欲为,Snake询问当面揍那些家伙的脸可以吗?Eva说可以,因为那个家伙本来就是一副爱随便打人的德性.
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　　Snake顺利得来到了关押Sokolov的房间,意外的发现Eva也在这里,而且从Sokolov手中拿走了一个资料磁盘.躲开Eva以后,Snake见到了Sokolov,Sokolov却说Snake来得太晚了,SHAGOHOD第二阶段也已经彻底完成,而且他已经没有利用价值了,随时可能被杀掉灭口,Volgen大佐的野心已经没人能阻挡了.Snake却说现在还来得及,成品就一台,趁SHAGOHOD还没量产前赶快摧毁它,接着炸毁整个基地,还可以挽回局势.
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　　此时Volgen突然进来了,原来他是双性恋,他的男情人正是Snake化装的Raikov!一切都逃不过他的眼睛,但他没想到Snake的CQC威力巨大,一下居然将他摔倒在地,但是这时The boss又来了,面对自己的老师,Snake再次败北,被制服后,Volgen狠狠地把Snake打晕了过去
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　　Snake醒来发现自己被吊了起来,一顿痛打拷问之后,Snake从身上掉出了无线电定位系统晶片,Volgen拾起来询问这是哪来的,众人面面相觑.危急关头The boss承认这是她偷偷安在Snake身上的,这样她才能暗中掌握Snake的行动路线.Volgen要The boss亲手挖掉Snake的一只眼睛.正当The boss下手的时候,Eva抱住了她,恳求她不要下手.OCELOT此时发话了，说他终于明白了,Eva就是真正的间谍,因为她处处袒护Snake,还有那股熟悉的气味.他以前想不起来,现在想起来了那不是香水而是汽油的味道,这么说来她就是自己曾经遇见的骑摩托的女性了.Eva极力否认的时候,OCELOT决定要用左轮枪的"Russianshow"(一种类似于俄罗斯圆盘的赌命方式)来裁决她是不是清白的,危机时刻Snake瞅准了装有子弹的那只真枪,用头撞向OCELOT,而那颗子弹偏离方向刚好射向了Snake的脸,打瞎了Snake的右眼.Eva失声痛哭,The boss则顺势打了OCELOT一个耳光,这场拷问总算结束了
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　　The boss临走将一课装有假死药的子弹射进了Snake的腿,并悄悄地叫Snake自己逃掉.
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　　Snake在牢房里给Paramedic通信,叫她讲点什么好分散疼痛的注意力,于是Paramedic给Snake讲起了一部电影,讲述的是一名囚犯被关进了集中营,但他没有始终没有放弃越狱的念头,因为他的战友答应必定会来救他的,在他被关押的日子,为了尽一切力量存活下去,为了生存他什么都吃,最后几年过去了,在他自己都已感觉不出自己到底是人还是鬼的时候,终于等到了战友的救助,但是他的战友们却发现在他们面前的是....Snake有气无力得打断说是吸血鬼.Paramedic惊叹Snake原来这么聪明.居然猜到了,Snake实在无话可说
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　　Snake作了一个噩梦,梦见自己变成了一个怪人,手上拿着两把钩子,在一个封闭的场所和一大群妖怪搏斗,打着打着自己还可以变身成更离谱的形象,居然象动物一样,可以在地上飞快的爬来爬去....