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　　路上Paramedic向Snake讲解各种可以猎取的生物,并问Snake有没有看过电影"怪物哥斯拉",Snake说没有,Paramedic告诉Snake那是一部反核战斗的影片,哥斯拉正是核弹爆发所诞生的怪物,最后它几乎把整个日本的东京给摧毁了.所以得出结论Snake这次行动一定要成功,不然核战斗爆发后果实在太可怕.Snake答应了.接着Paramedic告诉Snake如果他能再活50年,肯定可以在美国看到这部经典的片子,理由是2004年是哥斯拉50周年诞生记念日,肯定会有些庆祝活动的.
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　　穿过池塘,丛林,敌兵仓库,Snake再次遇见了OCELOT,这次OCELOT叫手下全部退开,自己要和Snake一对一,报自己两次受辱之仇,并说自己这次吸取了教训,带来2支左轮枪,这样一次就有12发子弹了.
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　　Snake再次打败了OCELOT,这时突然从天而降一大群马蜂,OCELOT等人四处作鸟兽散,Snake也被蛰得苦不堪言,慌忙中掉进了一个黑漆漆的洞穴.
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　　在洞穴里,Snake找来火把,并和Eva联系,Eva告诉他洞穴正是他的必经之路,只要顺着洞穴往前走,就可以出来了.
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　　Snake用火把驱赶着洞穴里的蝙蝠,艰难的前行.这时Paramedic来电开始讲解蝙蝠这种生物,被Snake赶快制止了,理由是她肯定会由蝙蝠扯到那些吸血鬼的电影,Paramedic表示她不会的,但是三句不离本行,最终饶着弯子还是回到了"Dracula"这部电影,发觉说漏嘴后赶快道歉,这时她意外的发现Snake原来有些忌讳吸血鬼的,在数次追问后,Snake都坚决否认自己害怕吸血鬼,但是Paramedic从他的语气中更是坚信了这一点,于是感到了一点快意,总算还了一次"颜色"^_^
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　　Snake快要到达洞穴的出口,却遇见了眼镜蛇部队成员之一--"the pain",原来刚才那一群马蜂就是他操纵的,接着一场战斗开始了,Snake没费多少工夫就打败了他.
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　　Snake走出了洞穴,穿过了一片水洼,到达了一处基地设施,终于发现了Sokolov,但此时Volgen等一干人正在一旁,Volgen用电折磨了一番Sokolov的情人Tantyala后,The boss来了,告诉Volgen赶快加紧这里的守卫强度,因为她刚刚得到消息,自己的部下The pain已经被Snake干掉了,Volgen闻言愤怒之下打烂了墙壁.接着押着Sokolov赶快转移了.
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　　Paramedic来电又同Snake聊起了电影,Snake奇怪为什么她会单人一人看这些女孩本来不怎么敢看的片子,Paramedic说是别人邀请她看的,并承认这是一个约会,那个男孩恳求她等他的伤好了就陪他一起看那部片子,Snake询问那个男孩现在怎么样了,Paramedic回答说他已经不幸死了,之后两人都陷入了沉默.....
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　　Eva来电告诉Snake,离这里不远有一处研究楼,他们应该会把Sokolov转移到那里去的,接着向北走就可以到达.
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　　Snake突破了基地设施,继续向前走,接着又是一片丛林,这里有很多毒蛇出没,陷阱密布.只有步步小心.为了给Snake解闷,Paramedic开始给他讲解各种蛇类小知识,突然她意识到自己在形容蛇的时候居然用上了"可爱"这个词汇,连她自己都不相信,Snake问她怎么了,Paramedic说一个正常的女性见到蛇应该大声尖叫和恐惧才对,怎么自己居然这么不正常的用上了那个形容词,Snake故意反问说难道你始终认为你是一个"正常"的女性吗?Paramedic无语....
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　　终于到达了Eva所说的研究楼,这里Snake 装扮成一名研究员成功的找到了Sokolov所在的房间,但令他意外的是,找到的不是Sokolov,而是另一名军事武器科学家 Glanin,Glanin说自己曾经也是为GRU提供军事武器开发,不过当权者最后放弃了他的策划,,而选择了Sokolov,就因为该死的Sokolov,他失去了当权者的资金投资,自己一切研究计划都泡了汤.而本来他要进行的是一项伟大的研究---这其中最绝的创意要是要让自己设计的武器有自己的"双腿",这样就可以象人一样无视任何障碍具有超强的机动力了.在他的草图中,Snake看到了未来的"合金装备"的影子. Glanin说他自己这辈子都从事武器研究,但是最后当局者却不顾他的反对试图在他的武器装置中加入核能量发射装置,因此他最终发现科学家只不过是被利用的政治工具而已,他所发明的这些东西丝毫不能造福人类,只有带来战争和不幸,他厌倦了这种生活,但也无可奈何,只有每天在那里借酒浇愁.
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　　Snake告诉他现在就要去找Sokolov了,而且他也不容许SHAGOHOD这种危害人类的武器存在,作为帮助,Glanin给了他一把可以打开基地设施曾经锁着的一扇门的钥匙----理由是Snake夸了他的鞋子很漂亮.
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　　返回基地设施的从林途中,Snake遇见了眼镜蛇部队成员之二----The fear.经过一番苦战,Snake打败了这个会隐身的棘手家伙.
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　　Snake的"旅途"中,Paramedic又来跟他讲话解闷了,这次他们谈到的是OCELOT这个人,Paramedic说OCELOT是美国边境地带一种野生的山猫的名字,她对一个俄罗斯人却取着美国的一种豹猫代号感到不解,Snake猜测可能他的本意就是形容他的动作象猫一样敏捷
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　　武器专家Sigint来电询问Snake关于Eva使用的左轮手枪的事,根据他的了解,那种枪是基于中国制造的"毛瑟"而改良而来, 使用方法比较特别,令他不解的是为什么一个西方女人会那么熟练地使用中国制造的武器.
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　　Snake返回基地设施,利用Glanin给他的钥匙打开了一扇锁着的门,继续前进的时候,Eva来电了,要他小心,因为前方有一名眼镜蛇部分成员The end在等着他.那是一名狙击手,为了等待目标可以在同一个地方保持一动不动,耐力惊人.将是一场艰苦的持久战.Snake表示自己年轻,拼耐力肯定获胜,Eva警告他不可大意,The end是白天狙击技术的创始人,The boss的狙击技术都是他传授的,而且他还拥有不可思议的自然力,可以采集"大地之灵气"来补充体力.所以还是要小心为上
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　　Snake遭遇了The end,经过一番拼毅力的斗争,终于击败了他.此时Eva来电,告诉Snake,穿过这片丛林,可以到达一个隧道,然后,从隧道的梯子开始登山,她在山顶和他再接头.
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　　在路上,Snake询问Eva此时这段时间她在干吗,Eva却反问Snake你想我此刻正在做什么,Snake说就是因为不知道所以才问你现在在干吗,EVa再次反问Snake为什么想知道我现在在干吗,Snake有点生气了,叫EVa能不能不反问他的提问,Eva却惊讶得问Snake是不是疯了干吗发火,Snake悻悻得关掉了无线电
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　　到达隧道,爬上梯子,躲过敌兵的监视,Snake成功的到达了山顶和Eva接头的小屋.
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　　Snake到达的时候,Eva正在换衣服,Snake惊讶的见到她满身都是伤痕,Eva说这是Volgen虐待的结果,他就是这么一个**狂.Snake这时指着一条芭痕询问由来,说这条伤痕跟别的不一样,它明显要早得多,EVa轻描淡写的敷衍了几句,并责怪Snake不敢问这么多,因为"一个女孩应该有她自己的一点隐私"
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　　Eva询问Snake有没有爱人,Snake说自己对别人的生活不感兴趣,Eva说Snake却对The boss怀有独特的感情,应该是爱上她了.Snake却说那并不是爱,而是一种特别的情感,象爱人又向恩师,自己的一半是属于The boss的,Eva表示自己实在不能理解一个男人跟一个女人之间除了爱或者恨以外还有第三种感情.
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　　远处一声轰鸣打算两人的谈话,二人来到外头,Snake终于从山顶俯瞰到了GRU的整个军事研究,实在是庞大无比,存放着无数的武器弹药,当然还包括那可怕的SHAGOHOD. Eva表示时间不多了,自己又要赶回GRU那边,于是驾驶着摩托飞越山涧驶向了基地.
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　　Snake从望远镜仔细的观察整个基地,这时他居然看见了Volgen,原来Volgen已经知道他们中间有间谍了,他怀疑是 Glanin,于是把他塞进油桶里用电严刑拷问,年迈的Glanin,经不了几下就晕死了过去,Volgen从他鞋跟下找到一个秘密无线电接收装置,说这就是间谍的证据.这时候tantyala悄悄的走了过来, OCELOT质问她刚才跑哪去了,皮靴都弄破了,这时候Snake从望远镜里注意到原来tantyala就是Eva,因为刚才他见到Eva换衣服时穿的正是那双有点磨破的皮靴.OCELOT围着tantyala转了几圈,说他好象在哪里曾经闻过这股香水味.怀疑她才是真正的间谍