《轩辕剑外传 汉之云》的游戏故事背景描述在三国时代初年，大汉丞相诸葛亮在数年的休息生养、累积国力之后，毅然决定利用魏帝曹丕新丧、洛阳人心不安之机，展开北伐复兴大业。自公元二二八年起，诸葛亮连年发动北伐攻势，挥师祁山，袭逼关右。然而大魏的年轻皇帝曹睿御驾亲征，调度井然，超乎所有人意料之外，因而魏师上下一心，将帅用命，汉军前锋攻势先后为魏军之宿将张郃、郝昭等人所遏阻，诸葛亮千里挥师，却再三折兵损将，屡屡无功而退。

　　就在此时，汉军中突然出现一支来历不详、身份神秘之奇兵部队“飞羽”，他们从旁暗中协助汉军作战，虽然人数不多，但却人人实力非凡，以一抵百，因而屡建奇功。包含丞相诸葛亮在内，汉师全军上下无人知悉“飞羽”真实底细，只知他们并不隶属任何正规部队，也不受汉军正式号令所节制，但正也因为如此，反能在正规调度之外灵活作战，不断以奇袭立功。

　　在“飞羽”掩护下，汉将陈式顺利夺下敌国之武都郡，这是北伐多次以来，首次获得宝贵大捷！诸葛亮决心在此基础上，进一步发动第四次北伐，希望顺势略取陇右。纪元二三一年，他亲率主力部队进抵祁山，然而此时等在他们面前的对手，乃是刚移防至此地之新任大魏都督 司马懿。诸葛亮未料与己第一次交手之司马懿，竟一眼看穿他们在艰险蜀道上粮运之不易，因此故意采取坚壁战术，意图让汉军自己粮尽而退，再趁势追击！

　　为了遏止司马懿的阴谋，“飞羽”决定再次出击！然而此时此刻谁也没有想到，此一为重重神秘面纱所包围的“飞羽”奇兵部队，在不久的未来，却将左右整个大汉之命运……

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