战斗系统

　　在进行战斗的过程中，玩家队伍的八名伙伴将分为前列与后列，前列的四名伙伴将是预计会战场上进行战斗的伙伴，玩家可挑选队伍中最有利当前战斗的队员放于前列。至于后列伙伴则为战斗中随时递补、更换的预备队。

　　队伍系统

　　在征战冒险的旅途中，玩家将会遇上十一名共同患难的伙伴，但因为队伍最多仅能容纳八名伙伴，因此玩家可利用壶中仙境中的“仙境小庵”，视伙伴的特殊能力以及任务的需求，更换队伍中的伙伴。

　　个性与气势

　　延续前作《轩辕剑伍》多元化的个性气势系统，玩家的伙伴将有各自不同的“个性”。不同的个性，将影响该名伙伴在战斗中会有不同的反应。但在《轩辕剑外传-汉之云》中，气势变化分段将更为简单、清楚，而个性反应变化也扬弃了“坏反应”，只保留新增的“好反应”。

　　收化

　　“收化”能够将战斗中遇上的敌人收入炼妖壶内，唯有炼妖壶的拥有者，亦即本次故事的第一女主角－－横艾，才能拥有这项能力。游戏中可收化的神魔妖怪多达一百多种，每种神魔妖怪都有其各不相同的能力与效用，但并非所有敌人都能顺利的收伏，炼妖壶将依玩家的等级而限定，因此在收伏前还是必须先评估自己的实力喔！

　　护驾

　　“护驾”同样是历代《轩辕剑》中，广获玩家好评的战斗功能，在本作中将再度回归！玩家可将游戏中利用‘炼妖壶’收伏的神魔妖怪，于战斗中招唤出，以强大神秘的后援力量协助玩家突破重围！