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游戏新要素

　　因应制作平台的进化，游戏中的口袋妖怪图鉴也进化成双萤幕的造型，玩家可将NDS视为游戏中的口袋妖怪图鉴，透过触控屏幕来进行更便利的资料查阅，并提供了许多小游戏供玩家游玩。

　　除了口袋妖怪图鉴之外，游戏中并加入了新的口袋妖怪手表，除了基本的时间显示功能之外，还会随着游戏的进行而加入电子计算机、培育所远端视讯、技能适性查询等各种辅助游戏进行的便利功能。

　　游戏中并加入了日夜的变化，共分为早上、中午、傍晚、晚上与深夜 5 种时段，除了场景的光影变化之外，包括 NPC 的对话以及出没的神奇宝贝等，也都会随着时段的不同而有所变化。

　　在最近两部《口袋妖怪》电影版卡通动画中出现的 路卡利欧 与 Ｖ杰尔 等新的口袋妖怪，在本游戏中也都会登场。另外，游戏中所有的神奇宝贝的性别，也首度反应在外观上，让玩家可以轻易分辨。