二战结束后,世界分成了2个部分---东方与西方,标志着冷战的开始
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　　苏联成功的发射了第一颗卫星,而作为其导弹核心技术的掌管者正是一名叫Sokolov的科学家.他本人对于自己所发明的武器所给人类带来的危害而感到日渐良心不安,于是离开了苏联而逃到柏林墙以西寻求庇护.
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　　两年后爆发举世震惊的古巴导弹危机,苏联答应从古巴撤走核导弹,其真正交易条件是要求西方国家归还Sokolov.(只有拥有了Sokolov就等于拥有了最先进的武器技术)
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　　Sokolov从医院被人强行带回苏联,妻离子散,他暗中发出请求美国能够救回他.
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　　根据线人提供的情报,Sokolov被关押在苏联边境丛林中的一个废旧研究基地
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　　一名叫做Jack的美国士兵,被授予单独执行这次营救行动,codename为"Snake",空降地点是"处女崖",行动代号为"贞结行动".时间限制是4小时.负责提供信息帮助的是上司---Tom上校,女医疗保健人员--Paramedic,另一个是一位特别的女性,传授Snake一切格斗术和枪术的老师----The boss
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　　The boss告诉Snake自己现在正在执行一项最高机密任务,所以现在并不和他们在一起,只是通过无线电给予信息帮助
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　　Paramedic告诉Snake自己并不是害怕丢掉自己的医学学位才参与这次行动的,真正的原因是她对Snake很仰慕,所以特地来关注他
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　　Paramedic开始对Snake讲解丛林生存的一切要领,包括如何取食和非常详尽的生物讲解,Snake耐心的听完后,上校无意间透露Paramedic曾经有个"Quack"的绰号,意思大约就是象鸭子那样话匣子打开就关不上.对此Paramedic感到又气恼又尴尬.
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　　Snake穿过从林,沼泽,终于在废基地找到了科学家Sokolov.这时Snake联系The boss时,发现对方没有应答,Tom上校也表示他们也和她失去了联系,可能是暂时信号不好的原因.
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　　Sokolov告诉Snake关押他的人正式目前苏联机构KGB,直属与苏联最高领导人赫鲁晓夫.而和KGB作对的机构GRU,则是最近苏联崛起的另一派力量,领头人是一名可以随意操纵雷电的人----Volgen . Volgen 最近正在招募力量,意图夺取政权,所以肯定也不会放过他的,请求Snake赶快把他救回美国.
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　　两人刚从屋里出来,就被一群KGB守卫士兵包围,这时候GRU机构的上校Ocelot登场了.上头派他来的目的正是抢夺Sokolov,于是一场黑吃黑的大戏上演了.在解决了KGB士兵后,Ocelot对自己的对手不是预想中的The boss感到略有失望,但令他没想到的是,Snake使用CQC技术瞬间就制服了他,在晕过去之前,他略感欣慰的是Snake承认他刚才耍枪那几下子确实漂亮.
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　　Snake带着Sokolov返回途中,Sokolov告诉Snake自己正在被迫开发一种新型合金装备--SHAGOHOD 最大优势就是搭载核发射装置,射程最远达6000里,由此可以打向美国任何一个地方,而且由于其隐蔽性和机动性还不会被雷达系统发现,一旦发明成功后果不堪设想.而目前第一阶段实验已经完成.
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　　返回吊桥的途中,Snake惊讶地遇见了自己的老师The boss ,The boss告诉Snake她已经投靠了苏联,投靠了Volgen,这样就可以和自己曾经的战友眼睛蛇部队又在一起了.而给新东家的见面礼就是Sokolov和两枚小型核导弹.
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　　Volgen询问The boss为何不也带上Snake一起投奔过来,The boss说Snake还太嫩,不配做为眼睛蛇部队的一员.因为Snake已经看到了Volgen的脸,Volgen打算不留活口下杀手的时候,The boss制止了他,要求由她来动手.两人交手中The boss打折了Snake的手臂,接着把他摔下了吊桥.跌进了河谷.
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　　在直升机上Volgen得意洋洋羞辱了一番他们捉到的Sokolov的情人---Tantyala,接着拿起自己新到手的小型核导弹,打算用它来摧毁那个废旧研究基地.Ocelot在一旁极力劝阻,尽管和他们是敌对势力,但毕竟大家是民族同胞.Volgen轻蔑的说这就是战争,接着发射了导弹,整个基地化为了灰烬.
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　　Snake顺着河流漂到了岸上,亲眼目睹了核弹的威力.接着救生伞装置到达,Snake被营救.
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　　赫鲁晓夫给美国总统打电话,表示自己的基地被一枚美国核导弹摧毁,而且雷达系统探测到当时侵入苏联边境正是一架美国飞机(Snake他们乘坐的那架),要求美国方面给一个说法,美国总统表示他们政府完全不知道此事,那完全是叛变的The boss个人行动,因为她投敌的时候偷运走了两枚核导弹.赫鲁晓夫对此表示怀疑,威胁美国方面要在一周以内证明清白.否则不惜发动核战争还以颜色.
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　　一周后,Snake出院了.Tom上校来探望他,给他带来了一个新的任务.是美国最高方面秘密指示的,代号"食蛇者行动".目的一是再次营救Sokolov,二是摧毁合金装备SHAGOHOD,三是消灭The boss,证明美国政府的清白.为了抓住振兴Fox的机会,为了自己不上军事法庭接受审判,Snake再次接受任务.
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　　Snake乘坐SR-17再次空降到了故地.时间是夜晚.这次负责提供信息帮助的依然是Tom上校和Paramedic,不同的是多了一名武器专家---Mr.Sigint .他将提供武器方面的信息.他自豪地说Snake使用的不少装备,包括动态探测仪是他的发明
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　　Paramedic告诉Snake,她曾在Snake住院期间看望过他,不过Snake当时处于昏迷状态,浑身被绷带裹着象个木乃伊,所以只能远远的"看望".
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　　Tom上校告诉Snake,虽然这次是政府秘密指示行动,但是为了证明政府的清白,所以他们仍然不提供任何正面官方的帮助,而唯一提供的帮助就是到了目的地后,会有一名代号"ADAM"的特工负责和他接头.ADAM是美国两年前就派到GRU的两个卧底之一,他应该知道Sokolov目前的所处地点.接头暗号是Snake询问"爱国者是谁?",回答暗号"La-Li-Lu-Le-Lo"
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　　Snake刚刚开始行动,意外地再次遇见了The boss,The boss叫Snake现在放弃任务回去还来得及,不要再有什么企图.Snake质问她为什么叛变,The boss说她并没有叛变,并且自己一直效忠于自己的任务,或许Snake现在不能接受,将来总有一天会理解的.接着The boss打坏了Snake的枪,故意制造火势引来敌兵,接着扬长而去.
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　　Snake借助夜幕的掩护,成功的到达了指定的接头地点,这时一名骑着摩托车的女性登场,看来是接头的间谍ADAM了,在Snake询问暗号以后,这名女性却迟迟答不上来,正当Snake起疑的时候,周围突然出现了几名GRU士兵.Snake突然意识到这是一个圈套,而令意外的是这名女性却几枪漂亮地干掉了那几名士兵.解救了Snake.
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　　女性告诉Snake,她名叫"Eva"(夏娃),和ADAM一样,正是派往GRU的那两名间谍之一.这次改由她来和Snake接头.Snake询问变故的原因,Eva得意得说想在Volgen身边做卧底,女人可比男人有利得多.
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　　Eva告诉Snake,"圣经"上说正是蛇引诱了伊甸园的夏娃,那么他这条蛇是不是来引诱她的?她可以为Snake做一点特别的"服务"----她来放哨,Snake应该象个乖孩子一样睡一会.Snake犹豫该不该相信她的时候,Paramedic来电告诉他应该听话,小睡一会儿养足精神,现在离天亮还有一会.并告诉这是医生的命令.
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　　Snake睡了,窗外的Eva则悄悄地打开了无线电联络系统,好象在和谁联系着了什么
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　　清晨,Snake醒来,却以外的发现OCELOT带着几名士兵前来,包围了他们所处的屋子,情况紧急,Eva自告奋勇地负责引开OCELOT,Snake则负责干掉他的手下.Snake嘱咐她要小心,Eva表示没问题.
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　　Snake干掉士兵后,OCELOT却挟持着Eva登场了,毕竟她不是OCELOT的对手.而正当OCELOT朝Snake开枪的时候,却发现枪里没有了子弹,原来,他现在换用左轮枪后，忘记了左轮一次只装填6发子弹.这个致命的失误令他顿时失去了优势,接着Eva和Snake轻松的制服了他,在他逃走的时候,Eva正准备从背后射杀,但被Snake阻止,理由是"他还年轻"
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　　时候不早了,Eva急着赶回GRU那边，以免他们起疑,于是先走一步.Snake听从她的指示,要到达Sokolov的关押地点,路还有很远,笔直向北走就可以了.