碇真嗣（IKARI SHINJI）
年龄14岁。是EVA初号机的驾驶员，NERV司令碇元渡的独子，作品的主角，第三个被发现能和Evangelion精神同频的人,作为驾驶员,他与EVA初号机的同步值最高,在歼灭使徒的各次战役中的表现亦最为突出。但其本人性格内向,处事态度消极，由于亲眼目睹了母亲在试验事故中被“消灭”，在加上父亲的冷酷无情，给他带来巨大的精神压力。他平时显得相当的阴郁，而且因为他一直想把过去的记忆封锁起来，导致在他的潜意识中，还有着截然不同的另一个人格。他操纵的EVA初号机经常发生暴走，与此不无关系。平时对做家事相当拿手，在他寄居于葛城美里处时，几乎都是靠他来操持家务。
葛城美里（KATSURAGI MISATO）
年龄29岁。NERV本部战术作战部作战局第一课所属，也是三个驾驶员的直属上司，对策划战略的能力非常强。在第二次浩劫中，她是赴南极的葛城探险队的唯一生还者，是少数目击过“第二次浩劫”的人，当精神状态回复后，为了替父亲复仇她也加入了NERV，打算以自己的力量打倒使徒。身为战斗指挥单元的最高负责人，当正副司令都不在时，她就是NERV的指挥官。另外，也充任寄居在她家里的真嗣和明日香的监护人。她在表面上的性格显得相当外向，开朗而乐观。但在私下里也有只问工作的冷酷面，心境和表情都相当丰富。在真嗣搬到第三新东京市后，她就成了略显阴郁的真嗣在感情上的重要支柱。不过，在工作之外，凡是属于自己家务事的范围，她却往往还要倒过来依靠真嗣的照顾。在真嗣搬来之前好象只靠啤酒和方便食品度日。
绫波丽（AYANAMI REI）
年龄14岁。EVA零号机的驾驶员，有一双血红色的眼睛。在Evangelion开发计划之始就接受特殊训练的第一个同频者。她和真嗣在同一班上学，但身世背景相当模糊，没有双亲，也没有任何朋友。在她所住的房间里，除了必需的家具之外没有任何东西。她的性格中缺乏一般的情感表现，沉默寡言，面无表情，无论交给她多苛酷的任务，她都不会有任何异议。但几乎没有人能接触其内心世界，除了碇元渡她不对任何人表达感情。在故事的最后她得知自己是使用第二使徒和真嗣母亲合成的人造人。
物流 明日香 兰格蕾（SOURYU ASUKA LANGLEY）
年龄14岁。Evangelion二号机的驾驶员，第二个同频者。她在美国长大，身上却有四分之三的德国裔和四分之一的日本裔血统。平时虽然也和真嗣一同上学，但是个在德国已经上到大学的天才少女。她的自信与高傲与真嗣，丽他们形成鲜明的对比，是那种可爱但无法接近的女孩。她的母亲也是NERV的研究者，为了研究使Evangelion和驾驶员达成精神同步的方法而以自己做实验，结果却受到精神污染，差一点连年幼的明日香一起自杀。这段极不愉快的记忆，一直藏在她心里的深处，和真嗣一样，她也是个试图把往事锁起来的人。在故事结尾部分因作战失利遭受使徒的精神攻击致使精神崩溃，延续至剧场版中才得以恢复。她最著名的台词是“あんたバカ？”
赤木律子（AKAGI RITSUKO）
年龄30岁。NERV本部技术开发部技术一科所属，Evangelion开发计划实际的负责人。她虽与美里是大学时代的好朋友，但与性格奔放冲动的美里所不同的是她作为科学家所特有的冷静与沉着。她是一个相当有才能的科学家，个性属于绝对理智型，相当果决而明快，而且具备碇元渡所缺乏的冷静，常带有一种现实主义式的冷漠无情。其母亲赤木博士当年NERV的科学家，NERV的主电脑MAGISYSTEM即是由其开发。在生活上，有传闻说她与碇司令有暧昧关系... ...
碇元渡（IKARI GENDOU）
年龄48岁。NERV司令官，碇真嗣的父亲。原姓六分仪，后改为妻姓。曾于2003年联合国设立的人工进化研究所担任所长职务，2010年，成为联合国直属特务机关NERV的司令，从事对使徒的研究，调查，歼灭等工作的指挥。此外，亦是被称作“人类补完计划”的极秘计划的责任者。他是一个为了达到自己的目的而无视人性与感情，极为冷静（冷酷？）的人，同时，亦是把握故事中各个谜团的关键人物之一。
加持良治（KAJI RYOUJI）
特殊监察部所属，从德国支部护送明日香，二号机以及被称作“亚当”的物体回国。学生时代曾与美里有过恋爱关系，酷爱冒险，好奇心强，善于处理各种棘手的事件。虽然表面上是碇司令的左膀右臂，但其实是日本政府内务省调查部的间谍。在生活方面他是位受女性欢迎的角色，其人生观亦多次引导真嗣重新建立战斗意志，是个令人钦佩的家伙。
铃原东二（SUZUHARA TOUJI）
年龄14岁。真嗣转入的第三新东京市第一中学的同班同学。讲话常喜欢用满口奇怪的大阪腔，其性格属于先动手后动口的热血型，虽然也是个善良的人，但是却常常不会适当地表达自己的感觉，亦是美里的崇拜者。他后来被挑选为担任EVA三号机驾驶员的第四个同频者，但却因为机体受到使徒的入侵，导致启动后不能控制，而被初号机所摧毁，他也因此而身受重伤。
伊吹玛亚
NERV总部技术部一课所属，阶级为二尉，直属上司是赤木律子， 通常担任EVA驾驶员同步状况观察及系统操作的任务。性格文静乖巧，有洁癖，是剧中频受欢迎的女性之一。
冬月幸增
NERV副司令，在碇司令不在时，是总部的代司令。1999年在任大学教授时，曾是六分仪元渡（即碇元渡）与真嗣的母亲碇唯的老师。在“第二次冲击” 之后加入人工进化研究所，亦与碇元渡一起转属NERV。在各个角色中， 他的年龄较大， 但洞察力极为敏锐，而且持有非常强的正义感。
日向庚
NERV总部中央作战司令部作战第一课所属，阶段为二尉，主要担任作战系统操作任务。对直属上司葛城美里也报有恋情，是个机敏，随机变能力强的青年。
青叶茂
NERV本部中央作战司令部副操作员，阶段为二尉，通常担任通信以及情报分述等任务，直属上司是冬月，他的兴趣爱是弹奏吉它，在土星版游戏中还有他教真嗣弹吉它的情节。
相田剑介
真嗣的同班同学，与铃原东治是一对形影不离的挚交。相田是个军事器械迷， 亦对EVA有很浓厚的兴趣，最在的愿望是能成为EVA的驾驶员。 他与东治及真嗣，通常被明日香与桐木称作“傻瓜三人组”。
桐木光
真嗣班上的学级委员长，是责任很强的女孩。桐木对“傻瓜三人组”虽然都采用了强硬的态度，但实质上却是暗恋着铃原东治（令明日香大为震惊）。 EVA三号机失事后，一直陪伴着受伤的东治。
渚薰
由SEELE保送来的第五适格者(FIFTH CHILDREN)，但他的正体其实是第十七使徒。外型上， 稍比真嗣高一些，手足细长， 有着少年期特有的中性特征。言语之间，也尽是些直接涉及人生观念的发言。姓名中的“渚”分开来就是“シ”与者， 在日本语意为“死者”，在这里意味着“使者”。
碇唯
生于1979年，在京都大学时，是冬月教授门下的优等生。“第二次冲击”后与与六分仪元渡（在与碇唯结婚之前，元渡用的是“六分仪”这个姓），生下碇真嗣。四年后（2004年）在元渡任所长的人工进化研究所的实验中，因操作失误死亡。从造型上大家一定可发现唯实在很象绫波丽，而且连配音都一样。
基路 罗兰兹
作为人类补完计划委员会的中心人物，在幕后操纵着NERV，是德意志的亚利安系人。平时总用目镜覆盖眼睛，隐藏表情，但并非绝的权利者。他通常用“我们”的复数形式来自称，让人总感到他只是组织的一员。此人与冬月及元渡似乎在很久以前便已相识，总体而言，他并不是一个可靠的人。
PEN PEN
新品种的温泉企鹅，它只是美里的宠物。除了调节气氛之外，似乎并无太大作为（笑）。作品中出场数不多，但却十惹人喜爱。
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