故事简介：

　　《魔法少女奈叶StrikerS》的故事发生在《魔法少女奈叶A's》10年之后，我们可爱的高町奈叶已经由一个9岁的LOLI成长为了19岁的半御姐T___T，奈叶与菲特和疾风等精英现在一同在“古代遗失物管理部·机动六课”中工作。某日，两位新成员“スバル”和“ティアナ”的加入拉开了新事件的开端。机动六课在寻找古代遗失物レリック的途中遭遇了神秘的无人战斗机ガジェットドローン的阻碍。事件持续扩大，次元世界的全部都被卷入了进去……

高町奈叶（CV：田村ゆかり）：本作的主人公。有着明朗和善的性格以及绝对正义感的19岁少女。被疾风邀请加入了“古代遗失物管理部·机动六课”，做战斗技能教官。在六课的新人看来是位既严厉又和善的老师。

菲特·泰斯特罗沙（CV：水樹奈々）：奈叶的青梅竹马。给人的第一印象是冰山美人，不过其实是相当和善亲切的人。利用作为执务官的经验承担六课的搜查任务。与平日的工作状态形成鲜明对比的是，经常会被好友过度保护。

八神疾风（CV：植田佳奈）：前作中得到了奈叶和菲特的帮助，后来加入了时空管理局，现在率领守护骑士队，担任机动六课的部队长。

スバル・ナカジマ（CV：斉藤千和）：因为憧憬奈叶而加入时空管理局的15岁少女。擅长格斗技，但性格中也有害羞软弱的部分。对于能得到奈叶的直接教导感到非常高兴。

ティアナ・ランスター（CV：中原麻衣）：スバル在魔法学校时期的朋友，个性直爽。擅长中距离射击作战，爱用的枪型为“クロスミラージュ”。梦想就是成为执务官，所以加入了机动六课。

エリオ・モンディアル（CV：井上麻里奈）：因为某个事件为契机得到菲特保护的少年。性格上过度老实，对于菲特满怀感激。以成为能够保护别人的骑士为目标努力着。

キャロ・ル・ルシエ（CV：高橋美佳子）：和龙一起生活过的少数民族村落的少女。同样是得到菲特的保护。作为龙的召唤士能够同时驾驭2匹龙，不过本人的战斗能力很低。

リーンフォースII（CV：ゆかな）：疾风制造的有情感的人格型机器人。在机动六课担任疾风的助理，被成员们当成是“糊涂的上司”而被宠爱。