日本出生的少年人星矢，为寻找相依为命的姐姐星华，毅然前往希腊圣域接受成为圣斗士的艰苦训练，为要在银河擂台赛中夺冠并获得黄金圣衣。在比赛中，星矢与紫龙、冰河、瞬及一辉发展出一段可以为对方牺牲的友谊，并发现了一段13年前教皇的秘密……

13年前，黄金圣斗士人马座艾奥罗斯救出正在被教皇下手杀害的女神雅典娜的转生女婴，并在临死前将女婴及黄金圣衣交与日本人城户光政。城户光政为把黄金圣衣交托可以信赖的人，就把100个小孩（漫画版是城户光政与99个女人所生的小孩，动画版却是100个孤儿）分别送往世界各地接受圣斗士的训练，藉银河擂台赛将圣衣交予冠军人选，而女神雅典娜就正是城户光政的孙女城户沙织……

故事中，十分强调对信仰的忠诚，以及无私奉献的友情，并强调由此信念而生的“小宇宙”之燃烧，是击破一切黑暗势力的神秘力量泉源。